Jan Heyse werd geboren in Zierikzee in 1882. Zijn vader, Johan Hermann Christian Heyse, was voormalig Luthers predikant en lid van de Gedeputeerde Staten van Zeeland. In 1892 verhuisde het gezin naar een groot huis aan de Lange Delft in Middelburg. Heyse begon al vroeg met tekenen en studeerde vanaf 1899 aan de Rijksacademie in Amsterdam, waar hij onder andere Jan Sluijters als klasgenoot had. In 1904 keerde hij terug naar zijn ouders, die inmiddels in het huis 'Het Witte Hardt' aan de Rouaansekaai woonden.
Tijdens een tentoonstelling van Vlaamse Primitieven en Oude Kunst in Brugge in 1902 vond Heyse vermoedelijk zijn eigen richting in de kunst. Geïnspireerd door Hans Memling (1430-1494) begon hij madonna's te schilderen, maar dan in Zeeuwse klederdracht. Deze madonna's drukken eerder moederliefde dan een religieuze interpretatie uit. Zijn werk wordt gekenmerkt door een zoektocht naar zuiverheid en eenvoud, wat zijn schilderijen een bijna mystieke uitstraling geeft.
Na het overlijden van zijn vader in 1913 erfde Heyse voldoende om sober te kunnen leven en zich volledig aan de schilderkunst te wijden. In datzelfde jaar trouwde hij met de Middelburgse Miesje Visser en vestigde het echtpaar zich in Veere, in het huis 'De Kolve' aan de Markt. Heyse werd beschreven als een teruggetrokken en gevoelige persoon, die zich afzijdig hield van het kunstenaarswereldje in Veere en Domburg.
Heyse's oeuvre omvat verfijnde figuren, landschappen en dorpsgezichten die een pure schoonheid uitstralen. Zijn werk lijkt te passen binnen het symbolisme, vooral door de manier waarop hij het alledaagse leven in Zeeland een religieuze inhoud weet te geven.
Naast schilderijen maakte Heyse ook veel grafisch werk en illustraties. Zijn fijne, bescheiden en vaak decoratieve tekenstijl leidde ertoe dat hij werd uitgenodigd om illustraties te maken voor onder andere het Zeeuws Prentenboek en het Hollandsch Liederboek.
Jan Heyse overleed in 1954 in Veere. Zijn werk wordt nog steeds gewaardeerd en af en toe aangeboden op veilingen.
