Il était le fils de Charles-Louis Willaert, décorateur et portraitiste, et il était l'aîné d'une famille de treize enfants. Ses frères Arthur (1875-1942) et Raphaël Robert Willaert (1878-1949) étaient également peintres.
Il a reçu sa formation à l'Académie de Gand, avec Theodoor Caneel et Louis Tytgadt. A vingt-trois ans en 1884, il devient lui-même professeur à l'académie. De 1887 à 1890, il étudie à l'Académie des Beaux-Arts de Paris.
Ferdinand Willaert était un grand voyageur et séjournait régulièrement dans le sud, ce qui a clairement influencé son style. En 1887, il voyage avec A. Marcette en Espagne et au Maroc, où il découvre la vraie lumière. Entre 1890 et 1892 également, il voyage au Maroc avec ses amis Albert Lebourg et Ignacio Zuloaga. A son retour, il expose ses œuvres sur Tanger au Cercle artistique et littéraire de Gand, ce qui marque le début de sa percée artistique.
En 1893, il devient membre de la Société nationale des beaux-arts de Paris et en 1907, il devient secrétaire du cercle. Il devient ensuite également membre de la Société du Salon d'Automne de Paris et de la Société Royale des Beaux-Arts de Bruxelles.
En 1899, il devient membre du jury des Salons belges, et à ce titre il participe à l'ameublement de divers salons à Gand, Anvers et Bruxelles. C'est dès lors qu'il participe lui-même à des expositions à l'étranger en Turquie, en France, aux Pays-Bas, en Allemagne, en Angleterre, en Italie, en Espagne, en Russie, en Égypte et aux États-Unis, où il est plusieurs fois primé.
En 1901, il est nommé directeur de l'Académie de Termonde, poste qu'il occupera jusqu'en 1934.
Ferdinand Willaert se maria une première fois avec Léontine Van Loo en 1893. Après le décès de sa première femme en 1904, il se remarie le 21 mars 1908 avec Valentine Fontan, née dans le sud de la France, fille du peintre Joseph- Auguste Fontan et elle-même une artiste qui a peint des natures mortes, des fleurs, des intérieurs, des portraits et des scènes avec des personnages. Ils étaient situés au 7 Drabstraat à Gand. Le couple a eu une fille prénommée Marguerite en 1918. Après leur mariage, ils ont passé les vacances dans la maison natale de Valentine à Magnan dans le Gers, dans le sud-ouest de la France.
Ferdinand Willaert est devenu chevalier de l'Ordre de la Couronne et officier de l'Ordre de Léopold. Après sa mort, il fut enterré au Campo Santo à Sint-Amandsberg.
